針對「蘇花改」施工期間土方運送，交通部規劃交給台鐵處理，台鐵將從今年底起，規劃分四年改裝共650輛貨車，成為可以裝載砂石或礦石的石斗車，根據台鐵評估，到民國102年完工後，一方面可以滿足施工的土方運送，一方面也可以協助中鋼、幸福水泥等業者的礦石運送，減少大量砂石車使用蘇花公路。

不過，有關改裝車輛，以及配合砂石土方運送所必須進行的場站路線調整，所需經費龐大，台鐵希望公路總局可以透過蘇花改的工程經費挹注，公路總局則認為主計單位可能會有意見，如何安排有待協調。估計改裝一輛篷車為石斗車，經費約260萬元。估計總經費需求可能高達十億元以上。

交通部長毛治國表示：鐵路運送土方及礦石是「蘇花改」工程規劃的配套方案之一，台鐵將配合需求，將部分使用率偏低的斗蓬車，改裝為石斗車。作為運送砂石、礦石之用。特別是中鋼所需運能，目前佔蘇花公路南端約70%左右，換言之，一旦利用鐵路取代，將可大幅減少砂石車的數量。毛治國表示：已經與中鋼達成共識，明年開始委託台鐵運送。不過台鐵的改裝以及路線改善經費，目前沒有著落。交通部傾向直接編列在蘇花改的預算內，不過官員擔心，目的與工程建設不一致，能否過關仍有待協調。

其次，公路總局在提給環評大會的報告中也指出，未來將有八成二的土方運送避開台九線，減少道路使用衝擊。利用鐵路搭配花蓮港運送礦砂石，可以移轉包括和平、和仁往北部的礦砂石量每年80萬噸，移轉和平、和仁往南到花蓮港運量每年可達兩百萬噸。公路總局評估，花蓮和仁以北未來聯結車數量可以降低至每天400~500輛次，和仁以南可降低至200輛以下。毛治國也強調：蘇花公路沿線土方透過平衡估算，除了「有價」土方之外，棄土都可以用在工程上，不會造成環境負擔。

至於隧道開挖之後可能遭遇的困難。公路總局強調已經透過蒐集鄰近地質資料之後，作為調整路線的依據。未來隧道開挖將採用傳統的鑽炸施工法，並透過先鑽挖前進探查孔，了解前方地質狀況，長度可達150公尺。一旦發現湧水，就會利用「近灌遠排」的方式，一旦發現湧水位置非常靠近，就會採用灌漿方式，讓地層之間的含水縫隙得以固結。遠排則是如果發現湧水，距離施工面較遠，可以先行導排。根據環保大會的要求，未來一旦開挖遭遇湧水，必須儘量維持水資源運用。對此，公路總局表示：可以透過蓄洪池的設置，讓湧水進入池內，再利用土壤，滲透返回地下水。